Następcy prof. Jakubowskiego, wśród których należy wymienić profesorów: K. Lewkowicza, Wł. Bujaka, T. Gizę, Z. Kobielową, J. J. Pietrzyka, stworzyli Krakowską Szkołę Pediatryczną. Zarówno wybitni pediatrzy kierujący Kliniką, jak i wszyscy lekarze tworzący jej Zespół na przestrzeni 150 lat, są spadkobiercami dziedzictwa prof. Jakubowskiego. Wydane w Wenecji w 1583 r. unikatowe dzieło Chrościejewskiego „De morbis puerorum tractatus”, na podstawie weneckich wykładów, z wytłoczonym znakiem własności prof. Jakubowskiego, jest przekazywane kolejnym kierownikom Kliniki nie tylko jako bezcenna pamiątka po tym wybitnym i zasłużonym pediatrze, ale także jako symbol ciągłości dawnych tradycji. W 1966 r. Klinika Dziecięca została przeniesiona do nowo wybudowanego Instytutu Pediatrii w Prokocimiu, gdzie jest obecnie największą kliniką Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie, stanowiąc główną bazę dydaktyczną i naukową dla Katedry Pediatrii.

          W 1982 kierownikiem Kliniki został prof. Jacek J. Pietrzyk i pełnił tę funkcję przez 32 lata. To jemu Klinika zawdzięcza niesamowity rozwój i pozycję lidera w dziedzinie genetyki klinicznej i neonatologii. Obecnie w skład Kliniki Chorób Dzieci wchodzą trzy oddziały: Oddział Patologii i Intensywnej Terapii Noworodka (30 stanowisk intensywnej terapii), Oddział Pediatrii, Reumatologii i Chorób Środowiskowych (68 miejsc) oraz Oddział Pulmonologii, Alergologii i Dermatologii (25 miejsc). Opiekę ambulatoryjną nad pacjentami Kliniki sprawują poradnie: Alergologiczna, Pulmonologiczna, Zaburzeń Rozwoju Dzieci, Patologii i Rozwoju Noworodka, Pediatryczna Szczepień dla Dzieci Wysokiego Ryzyka, Reumatologiczna.