W  ramach oddziału hospitalizowane są także noworodki, a wśród nich wcześniaki nie wymagające intensywnej terapii. W profilu diagnostyczno-leczniczym oddziału mieszczą się również choroby metaboliczne, zaburzenia genetyczne oraz wady wrodzone. Oddział prowadzi diagnostykę i leczenie dzieci z południowej Polski, wyłonionych w badaniach przesiewowych w kierunku fenyloketonurii oraz innych wrodzonych błędów metabolizmu.

        W przypadku rozpoznania choroby podczas pobytu rozpoczynane jest postępowanie dietetyczne, a po opuszczeniu oddziału dziecko jest przekazywane pod opiekę Poradni Wrodzonych Błędów Metabolizmu. Oddział dysponuje pełnym zapleczem diagnostycznym w zakresie badań laboratoryjnych i obrazowych. W skład personelu wchodzą doświadczeni specjaliści w dziedzinie pediatrii i neonatologii, lekarze rezydenci, oddany personel pielęgniarski oraz specjaliści w dziedzinie żywienia dzieci. Odcinek dzieci starszych zajmuje się leczeniem dzieci powyżej 2 r. ż. Rocznie jest w nim hospitalizowanych ok. 1500 dzieci. W ramach tego oddziału wyodrębniono dziesięć miejsc przeznaczonych dla pacjentów chorujących na choroby układowe tkanki łącznej, takie jak młodzieńcze idiopatyczne zapalenie stawów, czy młodzieńcza postać tocznia rumieniowatego układowego. Ponadto w oddziale hospitalizowane są dzieci przyjmowane w ramach ostrego dyżuru pediatrycznego, pełnionego przez lekarzy kliniki w Uniwersyteckim Szpitalu Dziecięcym, a także dzieci wymagające diagnostyki i leczenia w związku z narażeniem na szkodliwy wpływ czynników środowiskowych. Oddział dysponuje również pełnym zapleczem diagnostycznym w zakresie badań laboratoryjnych i obrazowych. W skład zespołu wchodzą doświadczeni specjaliści pediatrii oraz reumatologii, lekarze rezydenci oraz personel pielęgniarski. Kontynuacja opieki w warunkach ambulatoryjnych możliwa jest w Poradni Reumatologicznej Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie.