Oddział Pulmonologii, Alergologii i Dermatologii jest aktualnie referencyjnym ośrodkiem w Małopolsce w zakresie tych trzech specjalności. Opieką obejmuje bardzo liczną grupę chorych, cierpiących na astmę oskrzelową, prowadzi diagnostykę i leczenie ostrych oraz przewlekłych chorób płuc i alergicznych, w tym schorzeń rzadko lub bardzo rzadko występujących (takich jak zespoły dyskinezy rzęsek, choroby śródmiąższowe płuc), a także wymagających przewlekłej wysokospecjalistycznej terapii (w tym swoistej immunoterapii na jad owadów błonkoskrzydłych, przewlekłej wentylacji mechanicznej). Oddział dysponuje możliwością wykonywania w pełnym zakresie badań czynnościowych płuc, w tym badań pletyzmograficznych, a także diagnostyki bronchoskopowej. Dzięki badaniom przeprowadzonym w poradni i na oddziale, zoptymalizowano metodę oceny nadreaktywności oskrzeli przy użyciu stężonego roztworu soli, czy w teście wysiłkowym. W oddziale stosuje się nowoczesne metody diagnostyczne: badania czynnościowe płuc z nieswoistymi testami prowokacyjnymi, pomiaru oporów dróg oddechowych metodą okluzji przerywanej oraz badania bronchofiberoskopowe z możliwością oceny biochemicznej i histopatologicznej materiału uzyskanego w trakcie jego przeprowadzania. Ponadto, prowadzona jest diagnostyka alergii na jady owadów błonkoskrzydłych oraz leki, a w wybranych przypadkach wykonywana jest ocena nadawrażliwości alergicznej na alergeny kontaktowe. W oddziale uzyskują pomoc diagnostyczną i leczniczą dzieci z ciężko przebiegającą alergią pokarmową, w tym z reakcją zagrażającą życiu (wstrząsem anafilaktycznym).